Спектрально-аналитический метод распознавания неточных повторов в символьных последовательностях
https://doi.org/10.15514/ISPRAS-2015-27(6)-21
Аннотация
Об авторах
А. Н. ПанкратовРоссия
Р. К. Тетуев
Россия
М. И. Пятков
Россия
В. П. Тойгильдин
Россия
Н. Н. Попова
Россия
Список литературы
1. Дедус Ф.Ф., Куликова Л.И., Махортых С.А., Назипова Н.Н., Панкратов А.Н., Тетуев Р.К. Аналитические методы распознавания повторяющихся структур в геномах. Доклады Академии Наук, 2006, т.411, №5, с.599-602, doi: 10.1134/S1064562406060354.
2. Дедус Ф.Ф., Куликова Л.И., Махортых С.А., Назипова Н.Н., Панкратов А.Н., Тетуев Р.К. Распознавание структурно-функциональной организации генетических последовательностей. Вестник московского университета. Серия 15: Вычислительная математика и кибернетика, 2007, т.31, №2, с.12-16, doi: 10.3103/S0278641907020021.
3. Pankratov A.N., Gorchakov M.A., Dedus F.F., Dolotova N.S., Kulikova L.I., Makhortykh S.A., Nazipova N.N., Novikova D.A., Olshevets M.M., Pyatkov M.I., Rudnev V.R., Tetuev R.K., and Filippov V.V. Spectral Analysis for Identification and Visualization of Repeats in Genetic Sequences. Pattern Recognition and Image Analysis, 2009, Vol. 19, №4, pp. 687-692, doi: 10.1134/S105466180904018X.
4. Тетуев Р.К., Назипова Н.Н., Панкратов А.Н., Дедус Ф.Ф. Поиск мегасателлитных тандемных повторов в геномах эукариот по оценке осцилляций кривых GC-содержания. Математическая биология и биоинформатика, 2010, Т.5, №1, с.30-42, doi: 10.17537/2010.5.30.
5. Панкратов А.Н., Пятков М.И., Тетуев Р.К., Назипова Н.Н., Дедус Ф.Ф. Поиск протяженных повторов в геномах на основе спектрально-аналитического метода. Математическая биология и биоинформатика, 2012, Т.7, №2, с.476-492, doi: 10.17537/2012.7.476.
6. Pyatkov M.I., Pankratov A.N. SBARS: fast creation of dotplots for DNA sequences on different scales using GA-, GC-content. Bioinformatics, Vol. 30, №12, 2014, pp. 1765-1766, doi: 10.1093/bioinformatics/btu095.
7. W.H.Press, S.A.Teukolsky, W.T.Vetterling, B.P.Flannery Numerical Recipes. The Art of Scientific Computing. Third Edition. Cambridge University Press, 2007, 1256 pp.
Рецензия
Для цитирования:
Панкратов А.Н., Тетуев Р.К., Пятков М.И., Тойгильдин В.П., Попова Н.Н. Спектрально-аналитический метод распознавания неточных повторов в символьных последовательностях. Труды Института системного программирования РАН. 2015;27(6):335-344. https://doi.org/10.15514/ISPRAS-2015-27(6)-21
For citation:
Pankratov A.N., Tetuev R.K., Pyatkov M.I., Toigildin V.P., Popova N.N. Spectral analytical method of recognition of inexact repeats in character sequences. Proceedings of the Institute for System Programming of the RAS (Proceedings of ISP RAS). 2015;27(6):335-344. (In Russ.) https://doi.org/10.15514/ISPRAS-2015-27(6)-21